Berikut ini adalah daftar Klub ISC A
1. PERSIB
2. PERSEBAYA
3. PERSIPURA
4. PSM MAKASSAR
5. AREMA INDONESIA
6. PERSERU
7. Gresik United
8. BARITO PUTERA
9. SRIWIJAYA FC
10. PERSELA
11. PERSIJA
12. SEMEN PADANG
13. PUSAMANIA BORNEO FC
14. PERSIRAM
15. PELITA BANDUNG RAYA
16. MITRA KUKAR
17. PERSIBA BALIKPAPAN
18. BALI UNITED PUSAM.
Selain ISC A yang notabene adalah klub-klub ISL, juga digelar ISC B yang akan diikuti total 53 klub Divisi Utama.
Sebelumnya sempat 59 klub Divisi Utama yang telah menyelesaikan proses administrasi keikutsertaan untuk ISC B. Namun hanya 53 klub yang lolos klasifikasi operator turnamen, dalam hal ini PT Gelora Trisula Semesta.
Pertandingan akan dimainkan dengan sistem tandang- kandang untuk penyisihan,
babak 16, dan 8 besar akan dimainkan di daerah netral. Sementara untuk semifinal dan
final, lokasinya menyesuaikan bergantung pada siapa calon peserta yang lolos.
Dalam kompetisi ISC B tak akan ada pemain asing, semua tim akan diisi oleh para pemain lokal.
Berikut ini adalah 53 klub yang akan mengikuti ISC B 2016:
Persiraja Banda Aceh. PSBL Langsa, PSMS Medan, PS Bintang Jaya, PS Bengkulu, PSPS Pekanbaru, PS Bangka, Cilegon United, Perserang Kabupaten Serang, Persita Tangerang, Vila 2000, Persikabo Bogor, Persika Karawang, Persikad Depok, Persires Rengat, PSGC Ciamis, PSCS Cilacap, Persip Pekalongan, Persibas Banyumas, Persibangga Purbalingga, PSIS Semarang, Persijap Jepara, PSIR Rembang Persis Solo, PPSM Sakti Magelang, Persiba Bantul, PSIM Yogyakarta, PSS Sleman, Persinga Ngawi, Persatu Tuban, Madiun Putra, Persik Kediri, PSBI Blitar, PS Mojokerto Putra, Persepam Madura Utama, PSBK Kota Blitar, Laga FC, Persida Sidoarjo, Perssu Sumenep, Persekam Metro FC, Persekab Kota Pasuruan, Persebo Bondowoso, Persiwangi Banyuwangi, PS Sumbawa Barat, Kalteng Putra FC, Martapura FC Yahukimo FC, Persigo Gorontalo, Persbul Buol, Persigubin Gunung Bintang, Persibat Batang, Persipur Purwadadi dan PS Badung.
